Κορονοϊός: Οι γονιδιακές μεταλλάξεις του δίνουν πληροφορίες για την εξάπλωσή του

Κορονοϊός: Οι γονιδιακές μεταλλάξεις του δίνουν πληροφορίες για την εξάπλωσή του

Πριν από μερικά χρόνια ο Ρίτσαρντ Νέερ, εξελικτικός βιολόγος στο Πανεπιστήμιο της Βασιλείας στην Ελβετία, και οι συνάδελφοί του ήθελαν να παρακολουθήσουν τις αλλαγές στον γενετικό κώδικα της γρίπης, για να δουν αν τα δεδομένα θα βοηθούσαν τους επιστήμονες να κατασκευάσουν πιο αποτελεσματικά εμβόλια. Ανέπτυξαν μια διαδικτυακή διεπαφή που ενσωμάτωνε τα τελευταία δεδομένα αλληλουχίας ιών, τα ανέλυε και τα αποτελέσματα δημοσίευε σε ένα διαδραστικό πρόγραμμα προσβάσιμο στο κοινό.

Στη συνέχεια, η ομάδα δημιούργησε μια πλατφόρμα για να καταγράψει τη μετάδοση των MERS και Ebola την οποία ονόμασε NextStrain. Σήμερα, η ομάδα παρακολουθεί τις γενετικές μεταλλάξεις (αλλαγές) του κορονοϊού, καθώς αυτός μετακινείται από τις μεγάλες εστίες στην Κίνα, σε μικρότερες σε άλλες χώρες.

Τέλη Φεβρουαρίου, επιστήμονες στη Βραζιλία επιβεβαίωσαν την πρώτη περίπτωση του κορονοϊού στην χώρα τους κι έσπευσαν να απομονώσουν τον γενετικό κώδικα του ιού και να τον συγκρίνουν με περισσότερες από 150 αλληλουχίες που είναι ήδη αναρτημένες στο διαδίκτυο, πολλές από τις οποίες προέρχονται από την Κίνα.

Ο ασθενής, ένας 61χρονος από το Σάο Πάολο, είχε ταξιδέψει στη Λομβαρδία της Ιταλίας εκείνο το μήνα, όμως η ακολουθία του ιού μαρτυρά ένα πιο σύνθετο σενάριο που τον συνδέει με έναν άρρωστο συνεπιβάτη από την Κίνα και ένα περιστατικό στη Γερμανία.

Καθώς εξαπλώνεται ο ιός και μεταλλάσσεται, αναπτύσσει τυχαίες αλλαγές στο γονιδίωμά του, τις οποίες παρακολουθουν οι επιστήμονες κι έτσι μπορούν να διαπιστώσουν ποιες περιπτώσεις συνδέονται στενότερα. Οι τελευταίοι χάρτες δείχνουν ήδη δεκάδες διακλαδώσεις.

Είναι η πρώτη φορά που η εξέλιξη και η εξάπλωση ενός ιού παρακολουθείται κι αναλύεται με τόση λεπτομέρεια, σχεδόν σε πραγματικό χρόνο. Οι επιστήμονες που μελετούν τα γονιδιώματα μπορούν να εντοπίσουν τις περιπτώσεις όπου έχουν αποτύχει τα μέτρα περιορισμού, ενώ με τη βοήθεια των γενετικών δεδομένων θα μπορούσε να εντοπιστεί η αρχική πηγή της επιδημίας. Στη Βραζιλία, οι ερευνητές μπόρεσαν να χρησιμοποιήσουν γονιδιακά δεδομένα για να αποδείξουν ότι το πρώτο και το δεύτερο περιστατικό δεν ήταν πολύ στενά συνδεδεμένα.

Τα γενετικά δεδομένα δείχνουν ότι ο ιός εισήλθε στην Ευρώπη πολλαπλές φορές. Συγκεκριμένα, μια έξαρση περιστατικών στο Μόναχο τον Ιανουάριο, την οποία οι ερευνητές πίστεψαν ότι είχαν περιορίσει, μάλλον συνδέεται με μια σειρά άλλων περιστατικών σε διάφορες χώρες. Από την 1η Φεβρουαρίου περίπου το ένα τέταρτο των νέων μολύνσεων – στο Μεξικό, τη Φινλανδία, τη Σκωτία και την Ιταλία, καθώς και στη Βραζιλία – εμφανίστηκε γενετικά παρόμοιο με το σύμπλεγμα του Μονάχου, σύμφωνα με τον  Τρέβορ Μπέντφορντ, ερευνητή στο Κέντρο Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson και έναν από τους δημιουργούς του Nextstrain.

Ο «ασθενής 1» στο Μόναχο ήταν ένας 33χρονος Γερμανός επιχειρηματίας από τη Βαυαρία που ένιωσε τα πρώτα συμπτώματα του κορονοϊού στις 24 Ιανουαρίου. Πριν νοσήσει είχε συναντηθεί με Κινέζα επιχειρηματία από τη Σαγκάη, η οποία αργότερα βρέθηκε θετική στον κορονοϊό. Μέσα σε τέσσερις ημέρες, κι άλλοι υπάλληλοι της εταιρείας στην οποία εργαζόταν ο Γερμανός επιχειρηματίας, είχαν βρεθεί θετικοί στον ιό. Αν και η εταιρεία έκλεισε προσωρινά τα γραφεία της, αυτό δεν ήταν αρκετό. Σύμφωνα με τα γενετικά δεδομένα, τα περιστατικά του Μονάχου θα μπορούσαν να συνδεθούν με πάνω από 3.000 περιπτώσεις στην Ιταλία.

«Είναι εξαιρετικά σημαντικό να τονίσουμε πως επειδή ένα σύμπλεγμα έχει εντοπιστεί και περιοριστεί, αυτό δεν σημαίνει ότι δεν έχει ήδη δημιουργήσει μια αλυσίδα μετάδοσης», εξηγεί ο Μπέντφορντ.

Αυτό ακριβώς πιστεύουν οι επιστήμονες ότι συνέβη στην πολιτεία της Ουάσιγκτον στις ΗΠΑ, όπου εντοπίστηκε το πρώτο περιστατικό πριν από περίπου έξι εβδομάδες. Τον Φεβρουάριο, όμως, όταν οι επιστήμονες ανέλυσαν τον ιό ενός νέου περιστατικού, βρήκαν ότι είχε παρόμοια μετάλλαξη με το πρώτο. Έκτοτε, η Ουάσινγκτον έχει αναφέρει 27 περιπτώσεις και εννέα θανάτους. Μετά το περιστατικό αυτό, πολλοί κατηγόρησαν τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Ασθενειών των ΗΠΑ για τον περιορισμό των ατόμων που θα μπορούσαν να εξεταστούν, πράγμα που καθυστέρησε τους ειδικούς στην πορεία της επιδημίας.

ΠΗΓΗ: Technologyreview

 

www.ert.gr

Check Also

Η αγάπη του Ναπολέοντα για την κολόνια μπορεί να του στοίχισε τη ζωή

Ο Ναπολέοντας μπορεί να πέθανε εξαιτίας της εμμονής του με την κολόνια, σύμφωνα με νέα …

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *